データ閲覧ページでは、選択されたデータに対していくつかのデータ解析を行うことが可能です。 下図は、16S rRNA 解析における一部データに対し、オンデマンドでβ多様性を行った結果となります。

本データベースで取り扱うメタデータは下記の通りです。

本データベースでは、下記の解析データを取り扱います。

16S rRNA 解析やITS 解析は、サンプルの追加ごとに再解析が発生するため、その都度リリースを作成します。 下図は、N個のサンプルで解析したデータセットをリリース１として公開。 その後、２つのサンプルが追加され、リリース２を作成した例となります。

MetagenomeやSAG, MAGは、ツールや解析パイプラインのバージョンアップなどにより再解析が実施されます。 16Sなどのアンプリコン解析とは異なり、それぞれのデータがそれぞれのタイミングで再解析されるため、 下図に示すSAG4ように、１つのデータが複数のリリースに紐づけられるようになっています。

リストビューは、データを一覧で表示するビューです。 これらは、リリースやサンプルの条件で表示するデータをフィルタリングするパネル、ページ遷移操作、表示部位で構成されます。 下図は、アンプリコンデータの16S rRNAデータの一覧表示を表しています。 16Sのデータは、サンプル条件に加え、細菌叢のパターンを割合グラフで表示します。 細菌叢の割合グラフは、phlyumのデータを使用しています。

アンプリコン、ゲノム、およびメタゲノムのデータ一覧ビューには、サンプルメタデータによるフィルタリング機能が備わっています。 「Filter」をクリックすることで、フィルタリングツールが展開します。 リリースデータ選択、各メタデータのデータ数とメタデータのチェックボックス、キーワード検索を行うことが可能です。 ゲノムにおいては、コンプリート率とコンタミ率によるフィルタリングも行うことが可能です。

本データベースは、β 多様性解析機能を実装しています。 β 多様性解析機能は、アンプリコンデータに対して実施できます。 アンプリコンの一覧ページを表示している状態で、各種フィルタリングを実施後、「UMAPを作成」ボタンをクリックします。 選択されたデータの菌叢パターンを使用し、サンプルを類似度に従い２次元上に配置します。 下図は、β 多様性解析を行った例です。 β 多様性解析の結果に対して、投げ縄ツールを使用して興味対象のサンプルを選択することができます。 選択されたサンプルは、「選択結果でリストを更新」ボタンをクリックすることで、リストビューに表示されます。

ゲノムおよびメタゲノムで表示されているデータに関して、各種パラメータの統計情報をヴァイオリンプロットとボックスプロットで表示します。

本データベースは、メタゲノムまたはゲノムが保有する遺伝子機能の保有率をヒートマップとして表示することができます。それぞれのタイルの色は機能に基づく大分類、透明度は関連遺伝子の保有率(%)を表しています。